Non è stato possibile caricare il file o l'assembly 'System.Web.WebPages.Deployment, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35' o una delle relative dipendenze. La definizione di manifesto dell'assembly specificato non corrisponde al riferimento all'assembly. (Eccezione da HRESULT: 0x80131040)

Può capitare nello sviluppare applicazioni web, con Visual Studio 2015 o altre versioni, che durante l'avvio venga visualizzato il seguente messaggio:

"
Non è stato possibile caricare il file o l'assembly 'System.Web.WebPages.Deployment, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35' o una delle relative dipendenze. La definizione di manifesto dell'assembly specificato non corrisponde al riferimento all'assembly. (Eccezione da HRESULT: 0x80131040)

".
Questo perchè alcuni riferimenti non sono stati aggiornati.
Eseguendo da console Nuget il seguente comando, può risolvere il problema.

Update-Package Microsoft.AspNet.WebApi -reinstall